提速近10倍!基于深度学习的全基因组选择新方法来了******
近日,中国农业科学院作物科学研究所、三亚南繁研究院大数据智能设计育种创新团队联合多家单位提出利用植物海量多组学数据进行全基因组预测的深度学习方法, 可以实现育种大数据的高效整合与利用,将助力深度学习在全基因组选择中的应用,为智能设计育种及平台构建提供有效工具。相关研究成果发表在《分子植物(Molecular Plant)》上。
全基因组选择作为新一代育种技术,通过构建预测模型,根据基因组估计育种值进行早期个体的预测和选择,从而缩短育种世代间隔,加快育种进程,节约成本,推动现代育种向精准化和高效化方向发展。
统计模型作为全基因组选择的核心,极大地影响了全基因组预测的准确度和效率。传统预测方法基于线性回归模型,难以捕捉基因型和表型间的复杂关系。
相较于传统模型,非线性模型(如深度网络神经)具备分析复杂非加性效应的能力,人工智能和深度学习算法为解决大数据分析和高性能并行运算等难题提供了新的契机,深度学习算法的优化将会提高全基因组选择的预测能力。
该研究团队以玉米、小麦和番茄3种作物的4种不同维度的群体数据为测试材料,通过创新深度学习算法框架开发了全基因组选择新方法。
与其他五种主流预测方法相比,该方法有以下优点: 可以利用多组学数据开展全基因组预测;算法设计中包含批归一化层、回调函数和校正线性激活函数等结构,可以有效降低模型错误率,提高运行速度;预测精度稳健,在小型数据集上的表现与目前主流预测模型相当,在大规模数据集上预测优势更加明显;计算时间与传统方法相近,比已有深度学习方法提速近10倍;超参数调整对用户更加友好。
该研究得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金、海南崖州湾种子实验室和中国农业科学院科技创新工程等项目的支持。
学术支持
中国农业科学院作物科学研究所
记者
宋雅娟
2022年世界互联网大会乌镇峰会弥合数字鸿沟论坛举行******
11月9日,2022年世界互联网大会乌镇峰会弥合数字鸿沟论坛在浙江乌镇举行。中国国家互联网信息办公室副主任盛荣华,中国科学技术协会专职副主席、书记处书记孟庆海,浙江省人民政府副省长高兴夫,全国人大社会建设委员会副主任委员、世界互联网大会秘书长、中国网络社会组织联合会会长任贤良,联合国儿童基金会代理驻华代表郑道出席论坛并致辞。
盛荣华指出,新一轮科技革命和产业变革深入发展,数字技术对人类的生产生活产生深远影响,但全球数字化发展不平衡现象仍然突出,弥合数字鸿沟、实现数字普惠的必要性和紧迫性日益凸显。近年来,国家网信办会同有关部门加快推进网络强国、数字中国、智慧社会建设,深入实施全民数字素养与技能提升行动,加强资源供给,构建培训体系,践行社会公益,深化国际合作,在推动弥合数字鸿沟方面取得积极成效。希望各方携手同行,坚持包容普惠、提供优质服务,坚持技术赋能、提升数字素养,坚持融合发展、拓展应用场景,坚持深化合作、共享数字成果,为加快弥合数字发展鸿沟、构建网络空间命运共同体作出新的更大贡献。
孟庆海表示,要站在推动全球可持续发展、实现全人类共同进步的战略高度努力弥合数字鸿沟。中国科协组织开展全民数字素养与技能评价指标体系研究,开展银龄行动助力老年人提升信息素养,致力向不同人群提供持续、稳定、普惠、开放的数字科普产品和数字科普服务,愿与世界各国同仁携手同行,让数字文明造福世界人民。
高兴夫表示,浙江是互联网发展大省,省域网络覆盖率、使用率大幅提升,但接入鸿沟、能力鸿沟等问题仍然存在。浙江以深化数字化改革为牵引,以大力发展数字经济为重点,以提升全民数字素养与技能为抓手,推动数字使用转向更有效的数字利用、数字失能转向更全面的数字赋能,为推进共同富裕贡献智慧和力量。
任贤良表示,在全球数字化发展与数字化转型浪潮中,数字技术在促进经济社会发展、给人们提供高质量信息服务的同时,也在加剧社会发展层面的种种差距,形成了越来越明显的数字鸿沟。要依靠技术创新应用、促进数字普惠共享,加强数字技能培训、提升全民数字素养,面向社会特殊群体,弥合城乡数字鸿沟,坚持规范健康发展、打造良好数字生态。
论坛上,世界工程组织联合会、世界知识产权组织中国办事处、联合国教科文组织驻华代表处负责人以及来自教育部、人力资源社会保障部、中国科协、国际劳工组织等部门和行业代表作了主题演讲。来自中国、俄罗斯、英国、日本等国家的政府官员、专家学者、企业代表等进行了圆桌讨论。会上还发起了《提升全民数字素养和技能倡议》,举办了首届数字乡村创新设计大赛颁奖仪式。
本次论坛由教育部、人力资源和社会保障部、中国科学技术协会、联合国儿童基金会主办,中国网络社会组织联合会、教育部教育技术与资源发展中心(中央电化教育馆)、中国科普研究所协办。来自政府部门、科研机构、社会组织、企业平台等100余人现场参会。
(来源:“网信中国”微信公众号)
(文图:赵筱尘 巫邓炎)